Πέρα από τις ανυπολόγιστες καταστροφές που προκλήθηκαν στη Θεσσαλία λόγω της επέλασης της κακοκαιρίας Daniel, υπάρχουν και υγειονομικές επιπτώσεις λόγω του μολυσμένου νερού. Ήδη έχουν εκδηλωθεί τα πρώτα περιστατικά γαστρεντερίτιδας, ενώ την ίδια ώρα εντείνεται η επιτήρηση και για άλλα λοιμώδη νοσήματα όπως είναι η λεπτοσπείρωση και ο ιός του Δυτικού Νείλου.
Ωστόσο, το Υπουργείο Υγείας επικεντρώνεται σε δύο βασικά προβλήματα: τη μόλυνση του νερού και τα νεκρά ζώα. Όσον αφορά τα περιστατικά γαστρεντερίτιδας, μέχρι τη Δευτέρα το απόγευμα, καταγράφηκαν 36 περιστατικά σε όλη τη Θεσσαλία. Τα περισσότερα από αυτά είχαν ήπια συμπτώματα και για τον λόγο αυτό, δεν χρειάστηκαν νοσηλεία.