Έντονη κριτική στην Ελλάδα αναφορικά με τα ανθρώπινα δικαιώματα άσκησε το Στέιτ Ντιπάρτμεντ, όπου μέσα από έκθεσή του, επισημαίνει ότι: "Στις 2 Σεπτεμβρίου, η Επιτροπή του Συμβουλίου της Ευρώπης για την Πρόληψη των Βασανιστηρίων και της Απάνθρωπης ή Ταπεινωτικής Μεταχείρισης ή Τιμωρίας δημοσίευσε έκθεση για την επίσκεψή της στη χώρα τον Νοέμβριο του 2021. Η έκθεση υπογράμμισε την πιθανή απάνθρωπη και ταπεινωτική μεταχείριση που προέκυψε από κρατούμενους αφημένους να τρέμουν σε υπερπλήρεις και εντελώς ακατάλληλες συνθήκες. Επιπλέον, υπάρχουν αναφορές για συνωστισμό, ανεπαρκείς εγκαταστάσεις υγιεινής, καθώς και για ανεπαρκής παροχή βασικών προμηθειών. Οι κυβερνητικές στατιστικές που εκδόθηκαν τον Σεπτέμβριο έδειξαν ότι ο πληθυσμός των φυλακών υπερέβαινε την ικανότητα κράτησης. Ορισμένοι μετανάστες και αιτούντες άσυλο που κρατούνται από μέλη της Ελληνικής Αστυνομίας και του Λιμενικού Σώματος ισχυρίστηκαν ότι οι συνθήκες σωματικής κακοποίησης ή κράτησης θα μπορούσαν να θεωρηθούν απάνθρωπη και εξευτελιστική μεταχείριση και τιμωρία.
Ο Συνήγορος του Πολίτη, μέσω του Εθνικού Προληπτικού Μηχανισμού Διερεύνησης Αυθαίρετων Περιστατικών, έλαβε 288 καταγγελίες το 2021, οι περισσότερες από τις οποίες αφορούσαν την αστυνομία και σχετίζονταν με την προσβολή της ανθρώπινης ακεραιότητας, της υγείας ή της προσωπικής ελευθερίας. Περισσότερες από τις μισές καταγγελίες ανέφεραν καταχρηστική συμπεριφορά που έλαβε χώρα κατά τη διάρκεια συλλήψεων, κρατήσεων και άλλων αστυνομικών επιχειρήσεων. Σε πολλές περιπτώσεις τα θύματα της αστυνομικής κακοποίησης ήταν ανήλικοι, νέοι, αλλοδαποί, μετανάστες ή αιτούντες άσυλο. Ορισμένες καταγγελίες ανέφεραν βίαιες απωθήσεις μεταναστών και αιτούντων άσυλο από την Ελληνική Αστυνομία ή το Λιμενικό Σώμα στα θαλάσσια και χερσαία σύνορα. Ο Συνήγορος του Πολίτη ανέφερε βελτιώσεις στην προθυμία των αρχών επιβολής του νόμου να συνεργαστούν, συμπεριλαμβανομένης της έναρξης πειθαρχικών ερευνών για τη συμπεριφορά της αστυνομίας και της ανταλλαγής ιατροδικαστικών εκθέσεων και βίντεο για την αξιολόγηση τους.
Σύμφωνα με την κοινή έκθεση που εξέδωσαν, στις 6 Μαρτίου δύο ΜΚΟ, το Ελληνικό Συμβούλιο για τους Πρόσφυγες και η Oxfam, οι συνθήκες στο νεοσύστατο κλειστό κέντρο ελεγχόμενης πρόσβασης για αιτούντες άσυλο στη Σάμο είναι απαράδεκτες. Ένας στους πέντε, σύμφωνα με τις δύο ΜΚΟ, είχε τεθεί σε de facto κράτηση για δύο μήνες παρότι, τον Δεκέμβριο του 2021, απόφαση του δικαστηρίου έκρινε την πρακτική αυτή παράνομη. Όπως σημειώνεται, μάρτυρες ισχυρίστηκαν ότι η διοίκηση του κέντρου της Σάμου, χρησιμοποιούσε εκδικητικές τακτικές, μεταξύ των οποίων οι πρωινές επιδρομές, οι ανεξήγητες μεταφορές στο αστυνομικό τμήμα και οι προφορικές ειδοποιήσεις έξωσης σε κατοίκους που άσκησαν έφεση όταν η απόφαση για τη χορήγηση ασύλου τους ήταν αρνητική. Εκεί γίνεται αναφορά και σε υπέρμετρη χρήση της ασφάλειας, μέσω συνεχούς παρακολούθησης όλων των ενοίκων από κλειστό κύκλωμα τηλεόρασης.
Αναφορικά με τις υποκλοπές, στις 11 Απριλίου, τα μέσα ενημέρωσης ισχυρίστηκαν ότι η κυβέρνηση χρησιμοποίησε κατασκοπευτικό λογισμικό Predator από τις 21 Ιουλίου έως τις 24 Σεπτεμβρίου 2021 για να παρακολουθεί τον ερευνητή δημοσιογράφο Θανάση Κουκάκη. Ο Κουκάκης υπέβαλε καταγγελία στην Ελληνική Αρχή για την Ασφάλεια των Επικοινωνιών και την Προστασία του Απορρήτου τον Αύγουστο του 2020, ισχυριζόμενος ότι το κινητό του τηλέφωνο παρακολουθούνταν, η αρχή διαπίστωσε ότι δεν υπήρχαν αποδείξεις παρακολούθησης. Στις 28 Μαρτίου, μια έκθεση από το Citizen Lab του Πανεπιστημίου του Τορόντο επιβεβαίωσε τις υποψίες του Κουκάκη. Ο Κουκάκης κατέθεσε καταγγελία στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων στις 28 Ιουλίου. Ξεχωριστά, στις 26 Ιουλίου, ο Νίκος Ανδρουλάκης, αρχηγός του κεντροαριστερού κόμματος ΠΑΣΟΚ-ΚΙΝΑΛ, υπέβαλε καταγγελία στην Εισαγγελία του Αρείου Πάγου, ισχυριζόμενος ότι είχε βρει στο κινητό του τηλέφωνο κατασκοπευτικό λογισμικό Predator. Σύμφωνα με δημοσιεύματα των μέσων ενημέρωσης, η καταγγελία του προκάλεσε συζήτηση κεκλεισμένων των θυρών στη Βουλή, κατά την οποία ο επικεφαλής της Εθνικής Υπηρεσίας Πληροφοριών παραδέχθηκε ότι ο Κουκάκης και ο Ανδρουλάκης είχαν παρακολουθηθεί. Αρνήθηκε ότι είχε χρησιμοποιηθεί το λογισμικό Predator και υποστήριξε ότι η παρακολούθηση είχε διεξαχθεί νόμιμα με την κατάλληλη δικαστική άδεια. Η κυβέρνηση αρνήθηκε δημοσίως ότι αγόρασε ή χρησιμοποίησε το λογισμικό κατασκοπευτικής παρακολούθησης Predator. Στις 5 Αυγούστου, ο πρωθυπουργός Μητσοτάκης έκανε δεκτές τις παραιτήσεις του προσωπάρχη του και του επικεφαλής της Εθνικής Υπηρεσίας Πληροφοριών. Στις 19 Σεπτεμβρίου, η κυβέρνηση ψήφισε νομοθεσία που απαιτεί κάθε κυβερνητική παραβίαση της ιδιωτικής ζωής των πολιτών να έχει προεγκριθεί τόσο από εισαγγελέα όσο και από εισαγγελέα εφετών. Στις 9 Δεκεμβρίου, η κυβέρνηση ψήφισε νομοθεσία που προβλέπει ελάχιστη ποινή φυλάκισης δύο ετών για τη χρήση, πώληση ή διανομή κατασκοπευτικού λογισμικού.
Στην έκθεση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής εκφράστηκαν ανησυχίες για τη μη διαφανή κατανομή της κρατικής διαφήμισης στα μέσα ενημέρωσης, καθώς και για πιθανή πολιτική επιρροή στον διορισμό μελών του διοικητικού συμβουλίου των μέσων ενημέρωσης δημόσιας υπηρεσίας. Στις 21 Σεπτεμβρίου, η ΜΚΟ Govwatch ανέφερε παρόμοιες διαπιστώσεις, υπογραμμίζοντας τους περιορισμούς στην ελευθερία της έκφρασης που προκύπτουν από τον νέο νόμο περί ψευδών ειδήσεων και την έλλειψη διαφάνειας στη χρηματοδότηση των μέσων ενημέρωσης. Σημειώνεται ότι το Σύνταγμα και ο νόμος προστατεύουν την ελευθερία της έκφρασης, αλλά επιτρέπουν συγκεκριμένα περιορισμούς στον λόγο που υποκινεί διακρίσεις, μίσος ή βία κατά προσώπων ή ομάδων με βάση τη φυλή, το χρώμα του δέρματος, τη θρησκεία, την καταγωγή, την εθνική ή εθνοτική καταγωγή, τον σεξουαλικό προσανατολισμό, την ταυτότητα φύλου ή την αναπηρία τους ή που εκφράζει ιδέες που προσβάλλουν πρόσωπα ή ομάδες για τους λόγους αυτούς. Η Media Freedom Rapid Response Alliance συνέχισε να εκφράζει ανησυχίες σχετικά με έναν νόμο του Νοεμβρίου 2021 που επιτρέπει τη δίωξη για τη διάδοση ψευδών ειδήσεων και επιτρέπει στις αρχές να ενεργούν με την υποψία ότι ένα άτομο σκοπεύει να διαδώσει ψευδείς ειδήσεις, όταν υπάρχουν επιπτώσεις στην εθνική άμυνα, την οικονομία ή τη δημόσια υγεία. Η παραβίαση του νόμου επισύρει ποινή φυλάκισης τουλάχιστον τριών μηνών και πρόστιμο. Ορισμένες ΜΚΟ εξέφρασαν την ανησυχία ότι ο νόμος θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για την επιβολή ποινών στα μέσα ενημέρωσης που αναφέρουν κυβερνητικές ενέργειες για την απώθηση μεταναστών και αιτούντων άσυλο.
Παράλληλα, σε έκθεση της 13ης Ιουλίου, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή εξέφρασε την ανησυχία της για τους δημοσιογράφους που αντιμετωπίζουν απειλές και επιθέσεις. Η διαδικτυακή πλατφόρμα του Συμβουλίου της Ευρώπης για την παρακολούθηση των απειλών κατά των μέσων ενημέρωσης απαριθμεί 16 συναγερμούς για τη χώρα. Για παράδειγμα, εμπρηστές έβαλαν φωτιά στα κεντρικά γραφεία των μέσων ενημέρωσης Real24 στις 13 Ιουλίου. Στις 24 Οκτωβρίου, ο ερευνητής δημοσιογράφος Τάσος Τέλλογλου ισχυρίστηκε ότι αξιωματούχοι των μυστικών υπηρεσιών τον παρακολουθούσαν και συνέλεξαν τα δεδομένα του κινητού του τηλεφώνου από τον Μάιο έως τον Αύγουστο, δήθεν λόγω της έρευνάς του για ένα σκάνδαλο υποκλοπών. Τρεις άλλοι δημοσιογράφοι προέβησαν σε παρόμοιους ισχυρισμούς στην Επιτροπή Προστασίας των Δημοσιογράφων: Ο Θοδωρής Χονδρογιάννος, ο Θανάσης Κουκάκης και η Ελίζα Τριανταφύλλου.
Επιπλέον, γίνεται λόγος για καταγγελίες από ΜΚΟ που ανέφεραν ότι οι μη ευνοϊκές ειδήσεις για την κυβέρνηση, συμπεριλαμβανομένων των ισχυρισμών για σοβαρές παραβιάσεις των ανθρωπίνων δικαιωμάτων, δεν αναφέρονται από πολλά μέσα ενημέρωσης, εμποδίζοντας την πρόσβαση του κοινού στην πληροφόρηση και την τεκμηριωμένη συμμετοχή στη δημοκρατική διαδικασία. Το Govwatch, η αποστολή διαπίστωσης γεγονότων του MFRR στην Ελλάδα και το Media Pluralism Monitor ανέφεραν έλλειψη διαφάνειας στη διανομή κρατικών επιχορηγήσεων σε μέσα ενημέρωσης για μια εκστρατεία ενημέρωσης για την υγεία κατά τη διάρκεια της πανδημίας COVID-19. Η κυβέρνηση ισχυρίστηκε ότι έδινε τις επιδοτήσεις με βάση αντικειμενικά πρότυπα, όπως ποσοτικά κριτήρια σχετικά με την τηλεθέαση, την κυκλοφορία, τους δείκτες συνάφειας στις ομάδες-στόχους, καθώς και ποιοτικά κριτήρια όπως η ασφάλεια του εμπορικού σήματος. Ωστόσο, η απουσία δημοσίως διαθέσιμων κριτηρίων ανάθεσης ώθησε μια ΜΚΟ να υποβάλει αίτημα ζητώντας τη δημοσιοποίηση των κριτηρίων. Το δικαστήριο απέρριψε το αίτημα αυτό με την αιτιολογία ότι ο αιτών δεν είχε το νόμιμο δικαίωμα πρόσβασης στις πληροφορίες. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή σημείωσε επίσης ανησυχίες σχετικά με το γεγονός ότι οι δημοσιογράφοι εξακολουθούν να αντιμετωπίζουν ποινικές διώξεις και ότι η κυβέρνηση παρακολουθεί τις ιδιωτικές επικοινωνίες δημοσιογράφων και μελών του κόμματος της αντιπολίτευσης.
Σχετικά με το δικαίωμα των πολιτών στην ειρηνική διαμαρτυρία, επισημαίνεται ότι η αστυνομία δεν επέτρεψε πορείες διαμαρτυρίας σε τουλάχιστον δύο περιπτώσεις. Στις 14 Μαΐου, η αστυνομία αρνήθηκε να επιτρέψει σε μια ομάδα Παλαιστινίων να διαμαρτυρηθεί στην Ισραηλινή πρεσβεία, παρόλο που η ομάδα είχε λάβει την κατάλληλη άδεια. Στις 22 Ιουλίου, η αστυνομία στη συνοικία Εξάρχεια της Αθήνας εμπόδισε φεμινιστικές ομάδες να πραγματοποιήσουν απροειδοποίητη πορεία για να διαμαρτυρηθούν για μια απόπειρα βιασμού. Παράλληλα, όπως αναφέρει και πρόσφατη έκθεση της Ελληνικής Ένωσης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου, η υπερβολική χρήση βίας από την αστυνομία αποτελεί συστημικό και επαναλαμβανόμενο πρόβλημα. Οι βίαιες συγκρούσεις μεταξύ αστυνομίας και διαδηλωτών ώθησαν τις αστυνομικές αρχές να ξεκινήσουν διοικητική έρευνα για την αστυνομική βία. Το αποτέλεσμα αυτής της έρευνας εκκρεμεί.
Από τον νόμο προβλέπονται ποινικές κυρώσεις για αξιωματούχους που καταδικάστηκαν για διαφθορά, αλλά η κυβέρνηση δεν εφάρμοζε πάντα τον νόμο αποτελεσματικά. Οι αξιωματούχοι μερικές φορές εμπλέκονται σε πρακτικές διαφθοράς ατιμώρητοι. Η Εθνική Αρχή Διαφάνειας επιβλέπει την εφαρμογή ενός Εθνικού Σχεδίου Δράσης για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς για την περίοδο 2022-2025, διεξάγει έρευνες και παρακολουθεί την εφαρμογή των διατάξεων που σχετίζονται με τις δηλώσεις περιουσιακών στοιχείων και το lobbying. Τον Δεκέμβριο του 2021, οι διατάξεις του Ποινικού Κώδικα περί δωροδοκίας τροποποιήθηκαν για να ανταποκριθούν στις συστάσεις της Ομάδας Κρατών κατά της Διαφθοράς, του οργανισμού κατά της διαφθοράς του Συμβουλίου της Ευρώπης. Το 2021 ο Εισαγγελέας Οικονομικών Εγκλημάτων χειρίστηκε 266 υποθέσεις, κλείνοντας 81, ενώ 156 ήταν ακόμη σε εκκρεμότητα. Ο εισαγγελέας άσκησε κατηγορίες σε 19 υποθέσεις. Στις 11 Δεκεμβρίου, οι βελγικές αρχές συνέλαβαν την Εύα Καϊλή, Ελληνίδα βουλευτή και αντιπρόεδρο του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, για φερόμενη συμμετοχή σε σκάνδαλο διαφθοράς. Κατηγορήθηκε για διαφθορά, ξέπλυμα βρώμικου χρήματος αφού φέρεται να έλαβε δωροδοκίες από την κυβέρνηση του Κατάρ. Η Καϊλή αφαιρέθηκε από τα αντιπροεδρικά της καθήκοντα και από τις 31 Δεκεμβρίου παρέμεινε προφυλακισμένη στις Βρυξέλλες. Στις 12 Δεκεμβρίου, η Ελληνική αρχή για την καταπολέμηση της νομιμοποίησης εσόδων από παράνομες δραστηριότητες πάγωσε τα περιουσιακά στοιχεία της ίδιας και της στενής οικογένειάς της.
Αν και οι αρχές γενικά εφάρμοζαν αποτελεσματικά το νόμο όταν αναφέρθηκαν τα εγκλήματα, ορισμένες ΜΚΟ δήλωσαν ότι οι αρχές επιβολής του νόμου δεν ανταποκρίθηκαν κατάλληλα σε επιζώντες που κατήγγειλαν ενδοοικογενειακή βία. Στις 31 Ιουλίου, μια γυναίκα στη Ζάκυνθο μαχαιρώθηκε μέχρι θανάτου από τον σύζυγό της μετά από μήνυση για ενδοοικογενειακή βία εναντίον του. Ο τοπικός Τύπος επέκρινε την αστυνομία επειδή άφησε τη γυναίκα απροστάτευτη. Τα μέσα ενημέρωσης ανέφεραν ότι έως τις 30 Σεπτεμβρίου, 15 γυναίκες είχαν πεθάνει ως αποτέλεσμα ενδοοικογενειακής βίας κατά τη διάρκεια του έτους. Ενώ το σύνταγμα και ο νόμος απαγορεύουν τις διακρίσεις σε βάρος μελών μειονοτικών ομάδων, οι Ρομά και τα μέλη άλλων μειονοτικών ομάδων αντιμετώπισαν διακρίσεις. Υπήρχαν κυβερνητικά προγράμματα για τον μετριασμό της φτώχειας, της ανεργίας και των κοινωνικών, φυλετικών ή εθνοτικών προκαταλήψεων, αλλά αυτά τα προγράμματα συχνά δεν είχαν συνέπεια και αποτελεσματικότητα. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή Κατά του Ρατσισμού και της Μισαλλοδοξίας σημείωσε στην έκθεσή της τον Σεπτέμβριο ότι πρόσφυγες, αιτούντες άσυλο και άλλοι μετανάστες, καθώς και Ρομά, ήταν θύματα συχνής ρητορικής μίσους, κατά καιρούς από πολιτικούς και κρατικούς αξιωματούχους.
Τα παιδιά των αιτούντων άσυλο, που διέμεναν κυρίως σε κλειστές εγκαταστάσεις ελεγχόμενης πρόσβασης και σε Κέντρα Υποδοχής και Ταυτοποίησης, είχαν γενικά πολύ περιορισμένη ή καθόλου πρόσβαση στην επίσημη εκπαίδευση και μόνο μερική πρόσβαση σε προγράμματα άτυπης εκπαίδευσης. Οι τοπικοί αξιωματούχοι συχνά απέκλειαν Ρομά μαθητές από τα σχολεία ή τους έστελναν σε σχολεία διαχωρισμένα μόνο για Ρομά. Η ECRI σημείωσε ότι το επίπεδο εκπαίδευσης μεταξύ των Ρομά παραμένει χαμηλό, με υψηλά ποσοστά εγκατάλειψης, εν μέρει λόγω της ανεπαρκούς υποδομής. Ορισμένα μέλη της μουσουλμανικής μειονότητας στη Θράκη είπαν ότι η ποιότητα της μειονοτικής σχολικής εκπαίδευσης ήταν κατώτερη, επικαλούμενοι την απουσία δίγλωσσων δημοτικών και γυμνασίων.
Στην εργασία, ο Συνήγορος του Πολίτη επεσήμανε ότι σημειώθηκαν διακρίσεις με βάση τη φυλή, το φύλο, την αναπηρία και την ηλικία. Σε μια έκθεση της 31ης Μαρτίου, ο Συνήγορος του Πολίτη έκανε λόγο για τα ευρήματα από προηγούμενες αναφορές σχετικά με εργοδότες που απολύουν γυναίκες εργαζόμενες από την εργασία κατά τη διάρκεια και αμέσως μετά την εγκυμοσύνη. Παράλληλα, ο Συνήγορος του Πολίτη βρήκε επίσης ορισμένους εργοδότες απρόθυμους να διατηρήσουν υπαλλήλους που είχαν μερική αναπηρία. Την ίδια στιγμή, οι μισθοί των γυναικών ήταν 10,4% χαμηλότεροι από εκείνους των ανδρών υπαλλήλων, σύμφωνα με το Ελληνικό Ίδρυμα Ευρωπαϊκής και Εξωτερικής Πολιτικής με βάση τα στατιστικά στοιχεία του 2018".